J'ai enfin mis à jour ce shaarli pour utiliser le "community fork", devenu développement principal. Quand on utilise déjà une install via git, il suffit de :
git remote set-url origin https://github.com/shaarli/Shaarli.git
et bien sûr
git pull
J'ai dû supprimer les .htaccess des dossiers cache et data, créés par le setup je suppose, et maintenant intégrés au dépôt.